اعتبر سياسيون مصريون، أن جماعة "الإخوان المسلمين"، حاولت استغلال أزمة تسمم أكثر من 500 طالب أزهري يعيشون في المدينة الجامعية التابعة للأزهر، للإطاحة بشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب، وتعيين أحد قياديي "الإخوان" بدلاً منه لفرض سيطرتهم على الأزهر.  وقال الكاتب الصحافي، محمد حسنين هيكل، في حوار تلفزيوني قبل قليل، مع لميس الحديدي في قناة "CBC"، "إن الدولة في مصر ساندت على الدوام الأزهر، باعتباره مؤسسة الدين الرسمية، والشأن الديني في أوجهه كافة والثقافة والتعليم الديني"، معتبرًا أن "جماعة (الإخوان المسلمين) كمؤسسة غير رسمية، استولت على الدولة، وتوهمت أنه جاء الوقت لأخذ الأزهر".  وقد أصيب أكثر من 500 طالب بتسمم غذائي إثر تناول وجباتهم في المدينة الجامعية، وأطاح الحادث برئيس جامعة الأزهر ورئيس المدينة الجامعية ومدير التغذية في المدينة, وجرى بالفعل فتح باب الترشح لانتخاب رئيس جديد لجامعة الأزهر في غضون أسبوعين. ولاحظ مراقبون، أن سيناريو ما بعد الحادث، لم يكن متطابقًا مع تصورات وغايات "الإخوان"، وأكدوا أن الجماعة كانت بصدد ترتيبات أخرى لتسييس الحادث، والانقلاب على الأزهر بتركيبته الحالية، والإطاحة بشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب، إلا أن الأخير وأد مبكرًا محاولات "أخونة الأزهر"، جامعةً ومشيخةً، فيما يخشي جانبه في قضية الصكوك. وحاول النواب الإخوان في مجلس الشورى، تمرير قانون الصكوك الإسلامية التي يرى البعض أنها تخاطر بأصول اقتصادية عامة من دون العرض على الأزهر، فيما أصرّ نواب حزب "النور" السلفي على موافقة الأزهر، استنادًا على نص في الدستور الجديد, مما أدى إلى رضوخ الحكومة والرئاسة للأمر، أما القوى السياسية المدنية وعلى رأسها "جبهة الإنقاذ"، فقد وقفت بشدة مع شيخ الأزهر، ودعت إلى تنظيم مسيرات مؤيدة للشيخ والإبقاء عليه في منصبه. وتطلق حركة "6 أبريل"، السبت، في ذكرى تأسيسها الـ 8، موجة ثورية جديدة،حيث تخطط لتسيير 4 مسيرات للمطالبة بإسقاط النظام، وطرح خيار انتخابات رئاسية مبكرة، والشراكة في السلطة, إلا أن أزمة الأزهر ستكون في شعارات المسيرات الصاخبة المنتظرة. وقال المحللون، "إن الأزهر سيظل هدفًا لجماعة (الإخوان)، باعتباره ليس فقط مسع جديد، وإنما ظل الأزهر لسنوات وعاءًا لم يستحوذ عليه (الإخوان)، وإنما غرفوا منه كوادر مهمة انضمت إلى الجماعة، في وقت كانت الدولة المصرية في زمن حسني مبارك، تعتمد سياسة تجفيف المنابع، وتمكن (الإخوان) في التسعينات، من تنظيم أكبر تظاهرة حاشدة من طلاب المدينة الجامعية للأزهر ضد الحكومة ووزير الثقافة فاروق حسني، لسبب نشر رواية (وليمة لأعشاب البحر) للسوري حيدر حيدر، وكان نائب المرشد العام للجماعة خيرت الشاطر، وحتى وقت قريب، متهمًا بتنظيم واستعراض مليشيات بالملابس السوداء لطلبة المدينة الجامعية نفسها في العام 2006، للحرب في غزة، وهي القضية التي حرمته من أن يكون رئيسًا للبلاد