معظم الأطفال الذين يولدون مع وجود ثقب في الحاجز الأيني للقلب لا يعانون من أعراض, ولكن مع النمو يبدو الطفل أقل وزناً من أقرانه. وتعتبر حشرجة القلب هي أحد الأعراض المميزة لوجود ثقب في الحاجز الأذيني وقد تكون الوحيدة. ومن بين أعراض ثقب القلب عند الأطفال حديثي الولادة في الحاجز الأذيني ما يلي: التعب خاصة عند المجهود البدني ضيق التنفس وجود دم في الرئتين انتفاخ القدمين والكعبين والساقين وعروق الرقبة والبطن أعراض ثقب القلب في الحاجز البطيني تعتبر حشرجة القلب هي أول عرض من أعراض ثقب القلب في الحاجز البطيني, ولكنها بشكل عام لا تسمع قبل 6-8 أسابيع من الولادة. ومن أهم الأعراض الأخرى هو الرضاعة السيئة والنمو.