يتم تشخيص قرحة المعدة إما عن طريق الأشعة السينية الباريوم على الجهاز الهضمي العلوي أو التنظير الهضمي العلوي "EGD" ، التنظير الهضمي العلوي هو أكثر دقة من الأشعة السينية ، ولكن عادة ما ينطوي على تخدير المريض وإدخال أنبوب مرن عن طريق الفم لفحص المريء والمعدة والاثني عشر . التنظير العلوي لديه ميزة إضافية تتمثل في وجود القدرة على إزالة عينات الأنسجة الصغيرة خزعة" لاختبار عدوى اتش بيلوري ، ويتم فحص الخزعات أيضًا تحت المجهر لاستبعاد وجود قرحة سرطانية، في حين أن جميع قرح الاثني عشر تقريبًا حميدة ، يمكن أن تكون أحيانًا قرحة المعدة سرطانية . بالتالي ، غالبًا ما يتم إجراء خزعات على قرحة المعدة لاستبعاد السرطان .