يمكن أن يتسبب أي لقاح في حدوث آثار جانبية، وعادة تكون هذه الآثار الجانبية طفيفة مثل الحمى طفيفة الحرارة، والتقرح، أو حدوث احمرار أو تورم في مكان الحقن، وقد تتسبب بعض اللقاحات في حدوث صداع مؤقت، أو دوخة، أو تعب أو فقدان للشهية، ونادرا ما يعاني طفل من تفاعل حساسية حاد أو أثر جانبي عصبي، مثل نوبة الصرع. ورغم أن هذه الآثار الجانبية النادرة قد تعد مصدر قلق، إلا أن اللقاحات أكثر أمانا من الأمراض التي تقي منها. بالطبع، لا ينبغي إعطاء اللقاحات إلى الأطفال المعروفين بإصابتهم بحساسية من مكونات محددة باللقاح، وبالمثل إذا كان الطفل يعاني من تفاعل يُمثل تهديدا على الحياة تجاه لقاح معين، فلا ينبغي إعطاؤه جرعات إضافية من ذلك اللقاح.