عملية استئصال اللوزتين هي من العمليات الآمنة وروتينية مع نسبة مضاعفات نادرة وقليلة جدا لكنها قد تكون مهددة للحياة، لذلك من الضروري أن يعرف أهل الطفل هذه المضاعفات وذلك لمعالجتها بأسرع وقت والوقاية منها. وأهم هذه المضاعفات: - النزيف: وقد يحدث أثناء العمل الجراحي أو بعده خلال أول 24 ساعة بعد العملية، وقد يحدث أيضا لفترة تمتد حتى أول أسبوعين بعد العملية. - التهاب مكان العملية: يسبب ألما وحرارة وعدم تناول الطعام وقد يؤدي للنزيف المتأخر ويعالج بالمضادات الحيوية والمسكنات. - الجفاف: ويحدث لعدم تناول الطفل الطعام والسوائل بعد العملية بسبب الألم أو الخوف. - كسور الأسنان أثناء العملية: وذلك لضعف الأسنان اللبنية عند الأطفال والنخور أو التسوس بالأسنان. - ألم الأذنين بعد العملية: وهو شائع وذلك بسبب الأعصاب المشتركة بين الأذنين والبلعوم ويعالج بالمسكنات.